Descripción de la contratación
Para la correcta ejecución de los proyectos anteriormente mencionados, es necesario llevar a cabo la contratación de los suministros de reactivos para la preparación de librerías de secuenciación de muestras de DNA procedente de tejido tumoral fijado en formalina incluido en parafina o de sangre, y kits de sondas de capturas por hibridación para exomas y/o paneles de geles customizados, todo ello con arreglo a las siguientes características técnicas:
- Librerías compatibles con la Sequencing-By-Synthesis (SBS) de Ilumina.
- El protocolo debe permitir la secuenciación de al menos 384 muestras en paralelo utilizando una sola flowcell S4 (200 ciclos) de Ilumina. Con este nivel de multiplexado, el protocolo debe alcanzar una cobertura (sin duplicados) de 20 o superior en más del 90% de media de la región diana para cada muestra, asumiendo un output de más de 1600Gb por flowcell (5.5 Gb por muestra).
- Posibilidad de incluir unique molecular identifiers (UMIs) en el diseño del adaptador de librería.
Los kits de enriquecimiento permiten enriquecer en la misma reacción un mínimo de 12 librerías.
- Las sondas deben proporcionar una alta especificidad y uniformidad de cobertura incluso en regiones ricas en GC. Deben ser testadas individualmente al menos como control de calidad del lote de sonda sintetizado.
- El suministrador deberá proporcionar soporte técnico para la puesta a punto de la aplicación en el laboratorio del grupo solicitante.
- El suministrador deberá proporcionar todos los reactivos para llevar a cabo el protocolo (incluidas las bolas de estreptavidina para la captura de las sondas biotiniladas, mastermix, etc.).
- El suministrador deberá ofertar el precio total por muestra incluyendo todos los reactivos para llevar a cabo el enriquecimiento.
- Cantidad de partida mínima para librerías debe ser 1 nanogramo.
El consumo estimado de estos reactivos se corresponde con la compra de kits para el procesamiento del siguiente número de muestras:
Producto Consumo estimado Precio estimado (sin IVA)
1. Kits para síntesis de librerías de ADN para secuenciación: Generación de al menos 5000 librerías: 24.6 €/librería
2. Captura de panel de genes customizado (hasta 1.8Mb): 500 muestras de germinales 53€/muestra
3. Captura de panel de genes customizados (hasta 8Mb): 3500 librerías 52.14€/librería
4. Captura de exomas 500 muestras 14,4€/muestra